神は遊戯に飢えている。

暇を持て余した至高の神々が作った究極の頭脳ゲーム「神々の遊び」。永き眠りより目覚めた元神様の少女レーシェは、開口一番にこう宣言した。 「この時代で一番遊戯の上手い人間を連れてきて！」 指名されたのは“近年最高のルーキー”と注目される少年フェイ。二人が挑む「神々の遊び」は難易度高過ぎで完全攻略者はいまだ人類史上ゼロ。なぜなら神様は気まぐれで、とっても理不尽で、たまに理解不能だから。だけどそんなゲームだからこそ、心から楽しんで遊ばなきゃもったいない！　 ここに、天才ゲーム少年と元神様の少女と仲間たちによる、至高の神々との究極頭脳戦が幕を開ける！

現代に復活した元神レーシェに指名された少年フェイは、勢いのまま「神々の遊び」を連続攻略し、一躍世界最注目の存在へ名乗りを上げた。だが、彼らに刺激を受けた使徒（プレイヤー）の影響でしばらく自都市での活動ができなくなったフェイたちは、レーシェの不満解消も兼ねて別の都市への遠征に赴くことに。フェイを一方的にライバル視する黒衣の男ダークスが登場し、フェイたちは親善試合の場を借りた高度な心理戦に巻き込まれる。プライドを賭けた戦いに挑むフェイのパートナーはーーなんとパール！　不安しかない戦いを前に、少女の意外性が爆発する!?　そして待ち受ける次なる「神の遊戯」とはーー？

ダークスらとの激闘を終え、新たにネルを仲間に迎えるべく賭け神（ブックメーカー）との戦いに臨むフェイたちだったが、狡猾な賭け神にネルはあえなく返り討ちに。だが、フェイは「想定通り」と力強く宣言して賭け神を挑発。天才的な起死回生の策と共にフェイVS賭け神の1VS1の戦いを仕掛ける。同じころ複数の都市を巻き込んで使徒（プレイヤー）が「神々の遊戯」から帰還できないという異常事態が発生。「無敗の我が遊びに来てやったぞ」--そしてさらなる「規格外」の参戦で、フェイの遊戯は新たな局面を迎えようとしていたーー！

迷宮ゲームで世界規模の帰還困難者が多数発生し、他都市の有力プレイヤー達と共に救援に駆け付けたフェイたち。鬼畜難易度の迷宮攻略を死に戻りシステムの駆使と「無敗ちゃん」の乱入による圧倒的な暴力で一時セーブに成功する。だが、完全攻略のためにはラスボスの撃破が必要にもかかわらず、このダンジョンのラスボスであるはずの神はすでに死んだ状態。一見、手詰まりとなった攻略の中、それでもフェイとレーシェ達は持てる頭脳と手段をフルに用いて、他パーティを巻き込みながら完全攻略へと突き進む。一方、破竹の勢いで「神の遊戯」を勝ち進むフェイの前に思いがけぬ「神」が立ちはだかろうとしてーー!?

不可能と思われた迷宮を完全攻略してさらなる注目を集めるフェイだったが、一方で事件を通じ「正体不明の神」から目をつけられてしまう。そんな最中にメンテナンスも兼ねて参加することになった のは、世界樹を舞台とした超大規模ゲームで、なんと、立ちはだかるのは「神樹の守り手」の連合チーム。複数の神を同時に相手にする緊急事態に、フェイ達もアニータらと共に手探りのゲーム攻略に 挑むことになる。その頃、迷宮での事件から「神々の遊び」に干渉する存在を看破したウロボロスは、フェイに興味を持つ他の神とも接触。世界は一人の少年を中心にして、大きく動き出そうとしていたーー！

巨神タイタンからチーム名『神々の遊戯を授かりし（メイ・ユア・ゴッズ）』を授けられたフェイ。いまだ謎に包まれた世界最強チーム『すべての魂の集いし聖座（マインド・オーヴァー・マター）』のヘレネイアの真意を確かめるべく、フェイは、ミランダ事務長やウロボロスを引き連れて、神秘法院本部を目指す。「一年ぶりだなフェイ」。その前に現れたのは、フェイの旧チームのリーダー・ケイオスだった。彼の口から語られる世界最強チームの正体とヘレネイアの真意とはーー.はるか古より続く神々の遊びを懸けて、フェイの遊戯は、世界を巻き込んだ新たなる局面へと突入しようとしていた！

ケイオスとの極限の読み合いの後に語られた事実から、「神々の遊び」の真実の姿に一歩近づいたフェイたち。そんな彼らに興味を持った世界最強チーム『すべての魂の集いし聖座（マインド・オーヴァー・マター）』の一員である超獣ニーヴェルンが「神々の遊び」を仕掛けてくる。遊戯は村長が殺された架空の村が舞台のマーダーミステリー。ケイオスやミランダらも交えて、チームメイト同士お互い疑心暗鬼となりながらも各々に与えられた役割をこなしていく。だが、そこでフェイが辿り着いたこのゲームのクリア方法には、気まぐれな神・ニーヴェルンの狡猾な企みが込められていたーー！

世界最強チーム『すべての魂の集いし聖座(マインド・オーヴァー・マター)』の一員でもある超獣ニーヴェルンとのマーダーミステリーに勝利し、いよいよ人類未踏の領域へと近づいたフェイ。そんな彼と仲間たちの活躍に危機感を抱いたヘレネイアは、「神々の遊び」完全攻略を阻止すべく、切り札とも言える天使の長フレイヤにフェイとの対戦を持ちかける。そして幕を開けることになった、天使の学園を舞台にした、ゴールの場所が不明のタイムアタックバトル。フェイたちは天使の長と配下たちを相手取り、神々の遊びの頂へ王手をかけることができるのかーー？

「神の切り札」こと天使長フレイヤとの戦いを制し、前人未踏の「神々の遊び」9勝目を飾ったフェイたち。人類の悲願でもある10勝目前となり、世界中が固唾をのんでフェイの次なる戦いに注目していた。対峙する相手は世界最強の使徒であり半神でもある少女ヘレネイア率いる『すべての魂の集いし聖座（マインド・オーヴァー・マター）』。神版の「マインド・アリーナ」ともいえる究極のすごろくを舞台に、人間と神との最大の攻防が繰り広げられる。果たして、フェイたちは人類の夢を達成することができるのか？　そして、どんな願いも叶うという「神々の遊び」に隠された真実の意味とはーー？