続・魔法科高校の劣等生 メイジアン・カンパニー

シャンバラ探索から帰国した達也たち。USNAに眠る大規模破壊魔法[天罰業火]を封印するため、再度旅立とうとする達也に対し四葉真夜は出国を許可しない。 達也を国内に留まらせ、国内の抑止力としたい四葉家の裏のスポンサー東道青波の意向に沿うためだ。達也としても東道との契約は無視できないものだった。 世界情勢も大きく変わろうとしていた。IPUがチベットに出兵し、大亜連合に対して宣戦布告したのだ。日本国内でも動きがあり、軍部を中心に達也を文民監視団として派遣しようと画策していた。 大亜連合でも引き続き達也の暗殺が企てられており、その足掛かりとして一条将輝に忍び寄る影がーー。

サンフランシスコが一夜にして暴動に包まれる。FAIRのロッキー・ディーンが古代遺跡から入手した大規模魔法によって引き起こされたのだ。 事態を重く見たスターズ総司令官のカノープスはこの状況を打破するために達也に助けを求める。時を同じくしてFEHRのレナ・フェールからも達也に協力の依頼が。 魔法師の海外渡航は制限を受けるものだが、今回は四葉家の影のスポンサーでもある東道の同意も得ることができた達也。 何故か国防軍も渡航に協力的で、出国の準備は整った。達也はまたUSNAへと渡り、サンフランシスコの危機に挑む！

サンフランシスコ暴動は収まり、平静を取り戻した。達也は暴動を引き起こした魔法ギャラルホルンの対抗魔法の開発を急いでいた。 一方、日本の政界の黒幕でも動きが。元老院四大老の一人、穂州実明日葉が、四葉家への粛清計画を進めていた。彼女らが自分の縄張りだと見なしていた富士山麓の遺跡を達也が無断で発掘したためだ。魔法を絶対的に無力化する異能を持つ、次期当主の富貴花を中心に四葉の隠れ里襲撃を企てる。 絶体絶命の四葉家だが、達也のことを憎む分家の当主、黒羽貢がどうやら不穏な動きをしており……。

四葉本家への襲撃と、大亜連合、新ソ連それぞれからの攻撃を対処して、つかの間の平穏を過ごす達也たち。 国内外から恒星炉プラント誘致の申し込みがあったりと、達也の目指す世界、魔法師が兵器ではなく、人間として生活できる世界の実現に向けて、着実に歩みを進めていた。 しかし、次なる脅威はすぐそこまで迫っている。 達也に何度も苦汁を飲まされ、復讐に燃える大亜連合軍の次の狙いは、日本の新たな『使徒』一条将輝で、どうやら作戦の鍵は劉麗蕾らしく……。